La proyecto de la Universidad Fernando III no se llevará finalmente a cabo, después de la decisión del Patronato, reunido en Sevilla en julio de 2009, de extinguir la Fundación Universidad Fernando III. Por tanto, se acaba así con el proyecto de creación de la que hubiera sido la primera universidad privada de Andalucía, con sede en Córdoba y Sevilla.

Según confirmaron a Europa Press fuentes de la Fundación, tras la imposibilidad de crear un proyecto unitario que "recogiese lo mejor de la tradición universitaria" de la Fundación San Pablo Andalucía (CEU) y la Provincia Bética de la Compañía de Jesús, instituciones fundadoras de este proyecto, ambas han llegado a un acuerdo de extinción y han decidido seguir cada una por su lado.

Al hilo de lo anterior, informaron que este acuerdo de extinción se ha realizado de forma "amistosa" desde los mejores deseos para que cada una de las instituciones fundadoras pueda desarrollar en el futuro sus respectivos proyectos universitarios.

Asimismo, añadieron, que tanto el Patronato de la Fundación Universidad Fernando III, creada en noviembre de 2003, como las dos instituciones fundadoras manifiestan su "agradecimiento" por el apoyo que, en todo momento, han ofrecido al proyecto las instituciones públicas, en particular la Junta de Andalucía y el Parlamento de Andalucía, las instituciones eclesiásticas, las organizaciones empresariales, sindicales y educativas de Sevilla y Córdoba, así como sus antiguos alumnos y amigos.

Finalmente, tanto la Fundación San Pablo Andalucía como la Provincia Bética de la Compañía de Jesús afirmaron que quieren dejar constancia de la voluntad de mantener y, en el futuro, ampliar su presencia universitaria en Andalucía, como "forma de un mayor servicio a la sociedad y a la iglesia andaluza".

El 21 de marzo de 2007 el Parlamento Andaluz aprobó la ley de reconocimiento de la Universidad Fernando III, promovida por la Fundación San Pablo Andalucía (CEU) y por la Provincia Bética de la Compañía de Jesús, universidad que se convertiría en la primera privada de Andalucía, y cuya intención era comenzar sus actividades en el campus de Bormujos en Sevilla y en el campus de ETEA en Córdoba.

El objetivo de la institución era contar con 6.000 ó 7.000 alumnos, para "poder ofrecer al alumnado una relación más personal" y "contribuir a formar personas capaces de dar respuestas a la sociedad profesional y humanamente".

Además, la intención de la Universidad Fernando III era "la de establecer cauces de diálogo y cooperación entre empresa y universidad, fomentando la vocación emprendedora, la innovación y la permanente escucha de las necesidades de la comunidad universitaria y de la sociedad".

El proyecto de esta universidad consistía el de cultivar en primer lugar aquellas áreas que contaban con mayor tradición en las dos entidades fundadoras: ciencias jurídicas, empresariales y económicas; ciencias de la educación y ciencias de la información y de la comunicación, enfocando siempre la nueva estructuración de los estudios universitarios a crear el Espacio Europeo de Educación Superior.